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 Bisher (Stand: 2013) gibt es keinerlei Hinweise darauf, dass dieses unterschiedliche Wachstumsverhalten eindeutig mit dem Auftreten verschiedener biotischer oder abiotischer Faktoren zusammen hängt.
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 Es ist also denkbar, dass dieses unterschiedliche Wachstumsverhalten das Auftreten unterschiedlicher Genotypen wiederspiegelt. D.h. auf ähnliche Umweltbedingungen reagieren die Bestände, aufgrund ihrer unterschiedlichen genetischen Konstitution, verschieden. Diese Vermutung wird durch die besondere Vermehrungsweise des Schilfrohrs untermauert.
 Schilf kann sich sowohl generativ (über Samen) als auch vegetativ (über Rhizomsprosse) vermehren. Das kann zu verschiedenen genetischen Szenarien führen (s. Abb. rechts):
    * Ein Schilfbestand kann aus vielen genetisch unterschiedlichen Pflanzen bestehen
    * Ein Schilfbestand kann im Extremfall aus den Nachkommen einer einzelnen Pflanze bestehen, stellt somit einen genetisch identischen Klon dar
    * Ein Schilfbestand kann ein Mosaik verschiedener Klone sein.
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 Klonales Wachstum kann sehr vorteilhaft sein: Unter günstigen Umweltbedingungen können schnell große Flächen besiedelt werden, ohne die Ausbildung von Blüten und Samen. Auf der anderen Seite kann klonales Wachstum bei geänderten Umweltbedingungen fatale Folgen haben: Ist der vorliegende Genotyp nur unzureichend angepasst, ist davon der gesamte Bestand betroffen.
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 Zur Testung der Schilfgenotypen wurde an den verschiedenen Standorten junges Pflanzenmaterial gesammelt und jeweils ein genetischer Fingerabdruck angefertigt. Diese Technik entspricht dem genetischen Fingerabdruck, wie er in der Forensik angewendet wird. Mit dieser Technik werden genetische Unterschiede zwischen verschiedenen Individuen einer Art analysiert. Aussagekräftige Unterschiede findet man innerartlich nur in nicht-kodierenden Bereichen der DNA. Das können sowohl Introns als auch intergenische Sequenzabschnitte sein. Da Mutationen in diesen DNA-Bereichen keinerlei Konsequenzen für den Phänotyp haben, gibt es keinen Selektionsdruck gegen diese Sequenzveränderungen, sodass sie sich in diesen nicht-kodierenden Bereichen anhäufen.
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 In diesem Schilfprojekt werden solche Unterschiede mittels Polymerase-Kettenreaktion (PCR) und anschließender Gel-Elektrophorese analysiert. Diese Technik ist nur dann aussagekräftig, wenn die PCR-Produkte unterschiedliche Größen aufweisen; die Mutationen also zu einem Verlust oder einem Zugewinn an DNA-Sequenz geführt haben. Solche Veränderungen treten gehäuft im Bereich von Mikrosatelliten auf, also Clustern aus kurzen, vielfach wiederholten DNA-Sequenzen. Flankieren die beiden PCR-Primer ein solches Cluster, kann dessen variable Grösse bestimmt werden (s.u.).